灵谷寺地处紫金山东南麓，为明代佛教三大寺院之一。紫金山早在六朝时就已是佛教圣地，梁武帝时，其周围大小寺院已达70多所。
到了明代，这些寺院历经沧桑，大部分被毁，只有南麓独龙岗一带的蒋山寺、定林寺、宋熙寺等少数几座保存完好。
灵谷寺前身就是处于独龙岗的开善寺，南朝天监十三年（514年）梁武帝为埋葬宝志和尚，在独龙岗建开善精舍和志公塔。
唐代改称宝公院，北宋大中祥符年间，改称太平兴国禅寺，明初改为蒋山寺。
朱元璋为建明孝陵，命人选中独龙岗这块风水宝地，于是就下令将这一带包括蒋山寺在内的所有寺院都迁往紫金山东麓，合为一寺。
因为灵谷寺的地形是“左群山右峻岭”之间的一片谷地，所以命名为“灵谷寺”。灵谷寺初建时，规模宏大，殿宇林立，佛塔矗立，从山门到大殿，长2．5公里，占地约500亩，僧1000余人。
除现存外，当时还有金刚殿、天王殿、五方殿、毗卢殿、观音阁、禅堂、客室、方丈室等。
清代中叶的灵谷寺，又恢复了昔日的盛貌。除殿宇修复外，并有“灵各八景”著称。这八景是：钟阜晴云，浮图秋月，古殿钟声，苍池松影，银杏栖霞，清泉咽竹，空衍应掌，曲水流筋。
朱元璋曾御笔题额“第一禅林”。可惜后来因遭兵火劫难，只有无梁殿得以幸存。到清同治年间重修灵谷寺，规模已远不如当年，然而红墙黄瓦、松翠林茂、鸟语花香、环境幽静，仍不失“灵谷深秋”的佳景。
现在寺内院落共有三重，西首为大雄宝殿，宝殿正中释迦牟尼塑像，左右为观音菩萨和地藏菩萨，殿两侧排列十八尊罗汉，东首院落原为观间殿，后改为玄奘法师纪念堂。
玄奘法师纪念堂
